目标管理重视结果，强调自主，自治和自觉，并不等于管理者可以放手不管，相反由于形成了目标体系，一环失误，就会牵动全局，因此管理者在目标实施过程中的管理是不可缺少和非常重要的。
目标管理在世界管理界产生很大影响，但在具体实施中也出现了许多问题，管理者们要客观分析其优劣势，扬长避短，科学地运用，为自己的企业创造具体的实效。
目标管理对企业内易于度量和分解的目标会带来良好的绩效，对于那些具有可分性的工作，由于责任、任务明确，目标管理常常会起到立竿见影的效果，而对于不可分的团队工作则难以实施目标管理。目标管理有助于改进企业内部结构的职责分工，由于企业目标的成果和责任力图划归一个职位或部门，应避免授权不足与职责不清等缺陷；目标管理启发了自觉，调动了员工的主动性、积极性、创造性，由于强调自我控制，自我调节，将个人利益和企业利益紧密联系起来，因而能有效地调动积极性，提升士气从而促进了意见交流和相互了解，改善企业内部的人际关系。
在企业管理过程中，目标管理存在着明显的缺点和不足，企业管理者们应避免和寻求更好的解决方案。
企业内的许多目标有时难以进行量化和具体化，许多团队的工作不可分解，企业内部及外部的环境可变因素越来越多，变化越来越快，企业的内部活动日益复杂能，使企业管理的不确性越来越大，这使得企业的许多经营活动在制订目标和量化目标时感到很困难，目标管理在监督不力等情况下，目标管理所要求的承诺、自觉、自治气氛就难以形成。目标的商定也会增加管理成本，目标商定要上下沟通、统一思想很费时间，每个单位、个人都关注自身目标的完成，常忽略了相互协作和企业大目标的实现，滋长本位主义、临时观点和急功近利的倾向，企业在管理环节中的奖惩不一定都能和目标成果相配合，这样也很难保证公正性，从而削弱了目标管理的效果。
企业在建设目标管理的过程中，要重点提高员工的职业道德水平，培养合作精神，建立健全各项规章制度，改进管理者们的工作作风和方法，使目标管理的推行建立在一定的思想基础和科学管理基础上，要逐步推行，长期坚持，不断完善，从而使目标管理发挥预期的作用和效果进行有效的目标管理，能把企业外部控制代之以更严格的、要求更高的、更有效的内部控制。目标管理注重工作的效果，注重管理的综合性，建立目标责任制，是一种能更充分发挥员工的长处和责任心、能统一各种见解和努力、建立起集体协作、协调员工目标和公共利益目标的管理原则。
目标管理和自我控制是每一个企业管理者进行高效率管理的过程和方法，将成为企业管理中的一大“利润区”。