中小企业要搞好财务控制，必须建立严密的财务控制制度，财务管理首先应该关注现金流量，而不是会计利润。
中小企业由于经营规模较小，资本实力较差，发展时间一般不长，受自身体制和外部环境影响大，财务控制方面往往存在一些薄弱环节，如财务控制制度不健全、现金管理不当等。针对这些问题，专家建议从多方面入手搞好财务控制。
中小企业要搞好财务控制，必须建立严密的财务控制制度，具体包括以下几个方面：不相容职务分离制度。这要求中小企业合理设置财务会计及相关工作岗位，明确职责权限，形成相互制衡机制。不相容职务包括：授权批准、业务经办、会计记录、财产保管、稽核检查等职务。如：有权批准采购的人员不能直接从事采购业务，从事采购业务的人员不得从事入库业务。
授权批准控制制度。这要求中小企业明确规定涉及财务会计及相关工作的授权批准的范围、权限、程序、责任等内容，单位内部的各级管理人员必须在授权范围内行使职权和承担责任，经办人员也必须在授权范围内办理业务。如：采购人员必须在授权批准的金额内办理采购业务，超出此金额必须得到主管的审批。
会计系统控制制度。中小企业应依据《会计法》和国家统一的会计制度，制定适合本单位的会计制度，明确会计工作流程，建立岗位责任制，充分发挥会计的监督职能。会计系统控制制度包括企业的核算规程、会计工作规程、会计人员岗位责任制、财务会计部门职责、会计档案管理制度等。良好的会计系统控制制度是企业财务控制得以顺利进行的有力保障。
财务风险控制制度。财务风险主要是指举债给企业收益带来的不确定性。企业举债经营会对企业自有资金的盈利能力造成影响，由于负债要支付利息，债务人对企业的资产有优先的权利，万一公司经营不善，或有其他不利因素，则公司资不抵债、破产倒闭的危险就会加大。但是另一方面，有效地利用债务，可以大大地提高企业的收益，当企业经营好、利润高时，高负债会带来企业的高速增长。中小企业应正确客观地评估控制财务风险，一步步地发展壮大起来。